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L’ecosistema del Madagascar è molto ricco e gran parte delle specie vegetali e animali presenti sull’isola è, come si è detto, endemica. Tuttavia, a causa della penetrazione dell’uomo nelle aree un tempo incontaminate, questo patrimonio biologico risulta in pericolo; 530 sono le specie animali a rischio di estinzione, e centinaia si sono già effettivamente estinte.
Il 22,1% della superficie del Madagascar è coperto da foreste (2005); la tutela ambientale si estende per il 2,4% (2004) della superficie territoriale. L’alto tasso di crescita della popolazione ha comportato un forte aumento di pressione sull'ambiente. La tecnica del “taglia e brucia” per far posto all'agricoltura e la dipendenza dalla legna da ardere come fonte di energia stanno causando vaste perdite di copertura forestale. Il paese ha un tasso annuo di deforestazione dello 0,42% (1990–2005). 
Un inadeguato smaltimento delle acque reflue, unito all’erosione dei suoli causata dalla deforestazione, ha condotto all’ inquinamento delle acque di superficie. Nelle zone rurali, solo il 34% (2002) della popolazione ha accesso ad acqua potabile e solo il 33% (2002) dispone di servizi igienici.

 
 

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